Siempre tras la hidratación y tras la correcta aclimatación, si se ha procedido a realizar una desinfección de la hueva, debe asegurarse de que quede perfectamente libre de restos de desinfectante en el momento de ser colocada para la eclosión. La exposición prolongada a estos productos puede ser toxica y por lo tanto perjudicial para el embrión y posteriormente para la trucha. 

A partir de este momento los peces van a vivir una de las fases más crítica de su vida: la eclosión, la reabsorción de la vesícula vitelina, el despegue del fondo y el inicio de la alimentación. 

Para que todo se desarrolle bien es imprescindible tener una buena calidad de agua y suficiente cantidad. 

La calidad del agua la conoceremos por sus cualidades físicas, químicas y microbiológicas.

• Físicas:
• La temperatura: Según las recomendaciones de la FAO las temperaturas tienen que encontrarse entre 4ºC y 15ºC. Hay ejemplos en países cálidos de oriente medio en los que nuestros huevos se han adaptado a temperaturas superiores. Si bien, si es superior a esta temperatura, se pueden producir un aumento de las pérdidas y malformaciones, tanto en la fase de incubación como en la de reabsorción de la vesícula vitelina. Cuanto más alta sea la temperatura, más posibilidades de malformaciones y perdidas. 
• Saturación de gases del agua: Un agua sobresaturada en gases puede causar graves problemas en este periodo. Una desgasificación forzada del agua no siempre resuelve el problema, ya que puede provocar un desequilibrio iónico de consecuencias desagradables.

Incubar con agua de manantial no siempre es garantía de calidad de agua. A veces es cierto esto, pero no siempre. El agua de manantial suele garantizar una falta de materia en suspensión, lo cual es bueno, y también suele garantizar la regularidad de la temperatura. Pero hay que tener en cuenta los factores descritos.

• Químicas:Un análisis del agua en un laboratorio nos alertará de la presencia de metales pesados y otras sustancias que pueden ser tóxica para las primeras fases del pez, como pesticidas, abonos.... La presencia de estas sustancias podría hacer inutilizable el agua para la función prevista, aunque su apariencia sea buena. 
  Es una medida imprescindible cuando se va a utilizar un recurso nuevo o cuando el habitual comienza a dar problemas imprevistos.
• Microbiológicas:Junto al análisis químico conviene realizar uno microbiológico que nos oriente conocer el tipo y la concentración de bacterias presentes, conociendo así su grado de contaminación. Si este es alto, conviene o proceder a una buena desinfección (ultravioletas...) o desestimar el recurso.

Preparación de los huevos para la eclosión: 

Independientemente del sistema que se use, es recomendable colocar la hueva extendida en una sola capa, sin amontonamientos y asegurar un correcto caudal que transporte oxígeno por toda la superficie y evitar así zonas sin renovación. 

Por otra parte, también se han utilizado para nuestras huevas otros sistemas como los incubadores verticales, que siendo bien utilizados han dado buenos resultados.

Un buen sistema es colocar los huevos en bandejas de incubación de fondo plano y rígido. Puede ser de plástico duro o de aluminio marino perforados con agujeros de 1 milímetro de diámetro.  Se debe evitar materiales galvanizados, zincados y otros metales que podrían resultar peligrosos para los huevos.

Algunos piscicultores utilizan perforaciones alargadas en los fondos (aproximadamente 3 x 12 milímetros) que mantienen al huevo en un compartimento superior y cuando estos eclosionan, la larva cae, dejando sobre la bandeja los huevos no eclosionados. 

Este sistema es bueno siempre que el alevín al nacer caiga sobre otra bandeja con perforación de 1 milímetro y lo mantenga con una buena oxigenación; evitando así la muerte de alevines que se produce con el amontonamiento en determinadas zonas de la pila de incubación. 

Una vez que los peces absorban prácticamente todo el saco vitelino y cuando estos comienzan a nadar separados del fondo, es el momento de iniciar la alimentación y de pasarlos a las pilas de alevinaje. Tiene que haber un porcentaje alto de peces que flotan no es conveniente alimentar.

Es recomendable mantener tanto a huevos como alevines en penumbra y tranquilos, hasta la reabsorción de la vesícula vitelina.